L’ISTM Kisangani fonctionne en deux vacations, Jour et Soir.

Les sections et orientations opérationnelles sont les suivantes :

a. Sciences infirmières (orientations: soins généraux, pédiatrie, santé communautaire, Enseignement Appliqué à la Science Infirmière et épidémiologie);
b. Gestion des institutions des santés (orientations : Management des Services de Santé, Logistique de santé, Secrétariat Médical) ;
c. Biologie médicales ;
d. Sage-femme (orientations : sage-femme et Gynéco-obstétrique) ;
e. Techniques pharmaceutiques ;
f. Sciences des aliments (nutrition et diététique);
g. Imagerie médicale ;
h. Santé communautaire ;
i. Science de la motricité et de la réadaptation ;
j. Technique chirurgicale.

L'ISTM Kisangani fonctionne également avec deux auditoires de L1 et L2 de l'ancien Système dit PADEM finissant en RDC.